Κριτική κατά του αρχιεπισκόπου και της πορείας που ακολουθεί ο Αλέξης Τσίπρας εξαπέλυσε ο Νίκος Φίλης μετά την αποπομπή του από το υπουργείο Παιδείας κάνοντας λόγο για στίγμα υποχωρητισμού, ενώ διαβλέπει ότι ο ΣΥΡΙΖΑ χάνει την πολιτική του αυτονομία.
Σε συνέντευξή του στην εφημερίδα Real News, ο πρώην υπουργός Παιδείας διερωτάται «τι άλλαξε» και έφυγε από το υπ. Παιδείας ενώ ασκούσε πολιτική της κυβέρνησης. Για τον ανασχηματισμό τονίζει ότι αμφισβητεί την «πολιτική αυτονομία» της κυβέρνησης ΣΥΡΙΖΑ υπονοώντας ότι ο Πρωθυπουργός υπαναχώρησε στις αξιώσεις της Εκκλησίας.
Η κυβέρνηση υποκύπτει στην πίεση και δίνει την εντύπωση ότι υποχωρεί η πολιτική της αυτονομία. Ο ανασχηματισμός που έγινε δείχνει να αμφισβητεί την πολιτική αυτονομία της κυβέρνησης. Κινδυνεύουμε να βυθιστούμε σε success story, δήλωσε ο κ. Φίλης.
Τέλος, αναφερόμενος στην κόντρα του με τον Αρχιεπίσκοπο, η οποία του κόστισε και την υπουργική του θέση, ο Ν. Φίλης αναφέρει: «Από τη στιγμή που ο Ιερώνυμος μετατρέπεται σε Χριστόδουλο, η εκκλησία είναι παράγοντας στο πολιτικό παιχνίδι. Ο Ιερώνυμος βλέπει ότι υπάρχει περίπτωση ανατροπής των πολιτικών συσχετισμών υπέρ της ΝΔ και σπεύδει να προσφέρει πολιτική βοήθεια προς τον Κυριάκο Μητσοτάκη, θέτοντας όμως τους όρους του: Με μια δεξιά ως ακροδεξιά ατζέντα. Στον ΣΥΡΙΖΑ δεν βλέπουν την πολιτική στόχευση; Δεν αναρωτιούνται που οδηγεί η υποχωρητικότητα; Συνεπώς το θέμα σχέσεων Κράτους – Εκκλησίας δεν είναι περιθωριακό στη σοβούσα πολιτική και κοινωνική κρίση, αλλά σπρώχνεται όλο και περισσότερο στο επίκεντρο της πολιτικής ζωής».