Στους πρόποδες του Ψηλορείτη, στην καρδιά της Κρήτης βρίσκεται ο αρχαιολογικός χώρος της Ελεύθερνας τον οποίο ανασκάπτει ο καθηγητής Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, Νίκος Σταμπολίδης εδώ και τριάντα χρόνια.
Σήμερα σ' ένα τεράστιο αρχαιολογικό πάρκο όπου βρίσκεται η ανασκαφή ανάμεσα στην πλούσια χλωρίδα της περιοχής ορθώνεται ένα μεγάλο μοντέρνο κτίριο το οποίο στεγάζει όλα τα ευρήματα που ανασκάφηκαν αυτά τα χρόνια και είναι ένα από τα όνειρα ζωής του καθηγητή.
Το 2012 ήρθε η μεγάλη στιγμή για την ίδρυση και την κατασκευή του Μουσείου, που εγκαινιάζεται στις 19 Ιουνίου από τον πρόεδρο της Δημοκρατίας Προκόπη Παυλόπουλο.. Πρόκειται για το 4ο μεγαλύτερο μουσείο αρχαιολογικού χώρου στην Ελλάδα μετά από αυτά της Ολυμπίας, των Δελφών και της Βεργίνας, πάνω στην επαρχιακή οδό, και εύκολα προσβάσιμο από τον επισκέπτη. H ιστορική διαδρομή της Ελεύθερνας ξεδιπλώνεται στις τρεις συνεχόμενες αίθουσες, που φιλοξενούν όλη την ιστορία της πόλης από το 3000 π.Χ. έως το 1300 μ.Χ. - τεσσερισήμισι χιλιετίες με αντικείμενα καθημερινής ζωής και έργα τέχνης από την προϊστορία, τα γεωμετρικά, αρχαϊκά, κλασικά, ελληνιστικά, ρωμαϊκά και πρωτοβυζαντινά και βυζαντινά χρόνια.
Η μεγαλύτερη σε μέγεθος Αίθουσα Α περιλαμβάνει εκθέματα που επελέγησαν για μια πρώτη παρουσίαση της διαχρονικής δημόσιας, πολιτικής, θρησκευτικής, κοινωνικής και ιδιωτικής ζωής της Ελεύθερνας, αλλά κυρίως αντικείμενα εισηγμένα από άλλες πόλεις της Κρήτης και περιοχές όπως η Αττική, η Πελοπόννησος, οι Κυκλάδες, τα νησιά του Ανατολικού Αιγαίου, η Μ. Ασία, η Κύπρος, η Φοινίκη και γενικότερα η συροπαλαιστινιακή ακτή, η Αίγυπτος...
Στη μέση της αίθουσας, το μαγικό άφθαρτο υλικό, ο χρυσός, υλικό περίτεχνων κοσμημάτων και της προβολής τους με ψηφιακές εφαρμογές (digital installation).
Στο βάθος υπάρχει, επίσης, αίθουσα προβολών, μικρών συνεδρίων ή περιοδικών εκθέσεων.
Στην Αίθουσα Β αναπτύσσεται η θρησκευτική και η λατρευτική ζωή στην Ελεύθερνα, από την Πρώιμη Εποχή του Σιδήρου έως και τα βυζαντινά χρόνια. Παρουσιάζεται, επίσης, το Μνημείο 4Α, ηρώο-ιερό, που ερμηνεύεται ως κενοτάφιο, αποτελώντας ένα από τα πρώτα μνημεία του «αγνώστου» στρατιώτη στην παγκόσμια ιστορία. Εδώ εκτίθεται και ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα της Νεκρόπολης της Ορθής Πέτρας, η «Κόρη της Ελεύθερνας», που συγγενεύει με το αριστουργηματικό δαιδαλικό άγαλμα, τη διάσημη «Κυρία της Ωσέρ», που βρίσκεται σήμερα στο Μουσείο του Λούβρου στο Παρίσι.
Η Αίθουσα Γ είναι αφιερωμένη στις νεκροπόλεις της Ελεύθερνας. Παρουσιάζονται εδώ μόνον ευρήματα από τις ανασκαφές στην νεκρόπολη της Ορθής Πέτρας, καθώς σε αυτήν εικονογραφούνται περιγραφές από τον κόσμο του Ομήρου, όπως π.χ. το τελετουργικό τυπικό των ταφικών πυρών (καύσεων), ανάλογων δηλαδή με την ταφική πυρά του Πατρόκλου που περιγράφεται στη ραψωδία ψ της Ιλιάδας - εδώ εκτίθεται η μοναδική ταφική πυρά με τον δειροτομηθέντα νεκρό, ένα εύρημα που έθεσε σε άλλη βάση την αλήθεια των στίχων του Ομήρου στη διεθνή επιστημονική κοινότητα. Επίσης, σκιαγραφείται μια κοινωνία πολεμιστών και πριγκιπισσών, μέσα από τα ευρήματα και τα πλούσια κοσμήματα, τα όπλα και τα εργαλεία επιφανών πολεμιστών, καθώς και από μια χάλκινη ασπίδα να ξεχωρίζει ανάμεσά τους - ένα εμβληματικό έργο που εκτίθεται στην αρχή της έκθεσης του μουσείου.
Στην ίδια αίθουσα οι οπτασίες των αριστοκρατισσών ιερειών της Ελεύθερνας με όλον τον κτερισματικό πλούτο τους, λαμπρά, λεπτεπίλεπτης τέχνης κοσμήματα, υάλινα και φαγεντιανά, πήλινα και χάλκινα αγγεία, ειδώλια κ.ά.
Οι τρεις αίθουσες μπορούν να φιλοξενήσουν συγχρόνως τουλάχιστον 4 ομάδες 50 επισκεπτών η κάθε μια, ενώ η κάθε αίθουσα έχει τη δική της οθόνη στην οποία προβάλλονται ιστορίες που διηγούνται και σχετίζονται με τα πρωταγωνιστικά αντικείμενα της κάθε αίθουσας, ταινίες με αναφορές στον Όμηρο και τον Ηρόδοτο, ορισμένες από τις οποίες έχουν βραβευθεί σε διεθνή φεστιβάλ αρχαιολογικών ταινιών.
Στη Νότια Πτέρυγα του Μουσείου, υπάρχει το Ερευνητικό Κέντρο και το Κέντρο Μελέτης, με βιβλιοθήκη, γραφεία και πλούσιο αρχείο των ανασκαφών. Πρόκειται για το μέρος όπου γίνεται όλη η έρευνα από Έλληνες και ξένους επιστήμονες πολλών ειδικοτήτων, καθώς και ερευνητές και σπουδαστές διαφόρων ειδικοτήτων από τα Πανεπιστήμια της Ευρώπης, των ΗΠΑ, της Ασίας και της Αυστραλίας. Εδώ προετοιμάζονται επίσης τα εκπαιδευτικά προγράμματα σε αγαστή συνεργασία του Πανεπιστημίου Κρήτης με την Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια εκπαίδευση της Κρήτης και της Ελλάδας. Στον ισόγειο χώρο βρίσκονται οι αποθήκες και τα εργαστήρια συντήρησης, εξοπλισμένα με την τελευταία λέξη της τεχνολογίας, ενώ στη μεγάλη αυλή του Μουσείου δημιουργήθηκε ένα μικρό θέατρο για παραστάσεις, συναυλίες και δρώμενα. Τέλος, για την εκπαίδευση των παιδιών το Μουσείο έχει σχεδιάσει και σχεδιάζει ειδικά προγράμματα σχολικών επισκέψεων, που θα δώσουν τη δυνατότητα στα παιδιά της Κρήτης αλλά και ολόκληρης της Ελλάδας να γνωρίσουν από κοντά μια από τις σημαντικότερες ανασκαφές των τελευταίων χρόνων και της σύνδεσής της με τους μεγαλύτερους ποιητές και ιστορικούς της αρχαιότητας, όπως ο Όμηρος και ο Ηρόδοτος κ.ά.
