Το Φανάρι δεν είχε γνώση για τις ανακοινώσεις στις οποίες προέβησαν ο πρωθυπουργός Αλέξης Τσίπρας και ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος, με τις πληροφορίες να κάνουν λόγο για δυσαρέσκεια που προκάλεσαν στο Οικουμενικό Πατριαρχείο οι εξελίξεις.
Ειδικότερα, κύκλοι του Πατριαρχείου ανέφεραν χαρακτηριστικά πως «όταν το Οικουμενικό Πατριαρχείο ενημερωθεί επισήμως για τις προθέσεις της κυβέρνησης ο Παναγιώτατος Οικουμενικός Πατριάρχης θα τις θέσει υπόψη της Αγίας και Ιεράς Συνόδου που συνεδριάζει στις 27 Νοεμβρίου προκειμένου να της αξιολογήσει και τοποθετηθεί επ'' αυτών».
Σύμφωνα με πληροφορίες, στο Φανάρι θεωρούν ότι θα έπρεπε να είχε υπάρξει ενημέρωση εφόσον οι ανακοινώσεις αφορούν το Πατριαρχείο. Όπως λένε με νόημα άλλωστε, οι ανακοινώσεις δεν αφορούσαν τις σχέσεις της «Εκκλησίας της Ελλάδος με την Πολιτεία», αλλά της «Εκκλησίας με την Πολιτεία». Υπενθυμίζοντας βεβαίως τη σχέση του Οικουμενικού Πατριαρχείου με την Κρήτη και τα Δωδεκάνησα.
Σημειώνεται ότι η Αυτόνομη εκκλησία της Κρήτης αλλά και οι μητροπόλεις των Δωδεκανήσων υπάγονται απευθείας στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και δεν μπορούν να δεσμευθούν από τις αποφάσεις της ιεραρχίας της εκκλησίας της Ελλάδος.
